アルマ望遠鏡は、東アジア・北米・欧州の各執行機関がチリの合同アルマ観測所と協力して運用します。その東アジアの窓口となるのが、東アジア・アルマ地域支援センターです。東アジア・アルマ地域支援センターは、東アジア地区の研究者コミュニティによるアルマ望遠鏡を使った観測研究を支援するために、エンジニアリング・開発・コンピューティング・科学観測支援・研究振興・広報など、さまざまな活動を行っています。

アルマ望遠鏡の建設計画が予算化（2004年4月）されてから現在まで、長谷川哲夫 （2004年4月～2008年3月）と井口聖（2008年4月～2018年9月）がプロジェクト マネージャを務めてきました。そして現在、アルバロ・ゴンサレスがプロジェクトマネージャを務めています。

　　

国立天文台の内部組織である「国立天文台アルマプロジェクト」は、東アジア・アルマ地域支援センターの機能に加え、チリ現地での活動の調整や将来計画立案、予算要求などを行います。国立天文台アルマプロジェクトは、国立天文台の本部がある三鷹キャンパス（東京都三鷹市）に設置されています。約80名のスタッフが、主に国立天文台三鷹のALMA棟で研究活動と支援業務を行っています。

チリにおける国立天文台の研究活動を管轄するのが、国立天文台チリ観測所です。合同アルマ観測所に所属する国立天文台の研究者を統括するとともに、チリ現地でのアルマ望遠鏡運用を円滑に進めることを任務としています。また、アルマ望遠鏡のすぐ近くに設置している口径10メートルの電波望遠鏡アステの運用を行います。チリ観測所には、研究者や事務職員など約20名が所属しています。

国立天文台チリ観測所は、2012年4月に発足しました。アルマ望遠鏡計画の日本での前身であるLMSA計画準備室は1997年に発足し、国際協力によるアルマ望遠鏡計画の誕生と進展に伴ってALMA計画準備室（2000年4月～2004年3月）、ALMA推進室（2004年4月～2012年3月）と変遷してきました。この間、石黒正人、長谷川哲夫、立松健一の3名が室長を務めてきました。チリ観測所発足後は、長谷川哲夫、阪本成一が所長を務めました。 また2019年1月、チリ観測所から東アジア・アルマ地域センター（国立天文台アルマプロジェクト）が分離し、チリ観測所はチリ現地でのアルマ望遠鏡・アステ望遠鏡の運用に集中することになりました。その後は、浅山信一郎が所長を務めました。